From 재단법인 게놈연구재단

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NGS 관련 리뷰

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Icon.png인간 마이크로바이옴 프로젝트(1)           

인간 마이크로바이옴 프로젝트, 인체 내/외부에 서식하는 수 많은 미생물들의 유전체를 해독/분석하는 프로젝트의 첫 번째 리뷰로 국제 인간 마이크로바이옴 컨소시엄(IHMC)의 연구 프로그램을 소개한다.



Icon.pngArchon Genomics X prize

Archon Genomics X prize (AGXP)는 2006년 4월에 X 프라이즈 재단과 크레이그 벤터 과학 재단이 함께 주최한 대회이다. 개인의 유전체를 세계최초로 시퀀싱한 크레이그 벤터 및 전세계 저명한 유전체분야 과학자들이 본 대회의 심사위원으로 참여하였다. 약 1,000만 달러 (120억원)의 상금이 걸려있는 본 대회 우승의 달성 조건은 다음과 같다.

Icon2.png100명의 게놈을 시퀀싱
Icon2.png10일 동안 완료
Icon2.png10,000달러 이하 / 1 인간게놈
Icon2.png99.999%의 정확도
Icon2.png98% 이상의 커버리지 게놈 지도 완성





Icon.png1000 식물 전장 전사체 프로젝트

(1000 Plant de novo Transcriptomes Project)

전세계적인 식물종의 분류와 정확한 식물의 특성을 파악하기 위해서는 식물의 유전자 정보가 중요하다. 전세계적인 식물종은 370,000종 이상이나 완성된 식물 유전체 지도가 10여건에 불과하다. 고전적 유전자 분석 방법으로는 고비용과 적은 데이터의 발생으로 많은 식물체에 적용이 쉽지 많은 않았기 때문이다. 식물의 전사체(cDNA)를 NGS(대용량서열분석방법)로의 분석을 적용하는 BGI는 이번 “1000 식물 전장 전사체 프로젝트”를 통해 보다 다양한 식물체의 유전정보를 확보하여 식물의 전사체 정보량을 100배 이상 끌어올리는 역할을 진행 중이다


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Icon.png카카오 유전체 시퀀싱과 그 활용

카카오는 커피∙설탕에 이어 세계적 수준의 소비량으로 유통량이 많은 작물로써 미국의 카카오 시장 규모만 170억 달러 규모이다. 이러한 카카오의 소비량은 해마다 증가하는 추세이나 병충해나 기후변화에 의해 해를 입기 쉬워 매해 생산량이 줄어드는 추세이다. 이러한 현상 때문에 카카오 가격은 매해 상승하고 있으며, 카카오를 이용하는 각종 업계에도 타격을 입히게 된다. 이에 따라 다양한 초콜렛회사들(MARS, 네슬레 등)이 적극적으로 카카오 유전체 분석에 나섰으며, 카카오의 질병저항성과 관련된 유전자를 찾는 동시에 카카오의 질과 맛을 향상시킬 수 있는 유전자를 발굴하기 위한 연구가 동시에 진행중이다.


Icon.pngBGI 설립 10년, 세계 최고 유전체 센터되다!

1999년 말부터 유전체학 분야의 세계적인 선두 기업이 되고자 10년간 야심적으로 준비해온 BGI의 중요한 국제적인 유전체 시퀀싱 프로젝트 및 컨소시엄 참여와 성과들을 살펴본다.

Icon.pngBGI가 NGS로 옥수수 분자육종에 박차를 가하다.
경제적으로 중요한 작물인 옥수수는 크고 복잡한 유전체를 지녔다. 차세대 염기서열 해독기를 가장 많이 보유한 BGI가 솔렉사기로 옥수수의 여섯 가지 우량 품종의 옥수수 전장 유전체를 재해독하여 우량 품종을 구분할 수 있는 유전자 다양성 마커를 밝혔다.





Icon.png중국콩 유전체 해독프로젝트

최근 중국의 연구진들에 의해서 야생종과 재배콩 유전체에 대한 유전 다양성 분석이 진행되었다. “31개의 야생종, 재배종 콩의 리시퀀싱으로 유전적 다양성 분석”이라는 제목으로 네이쳐 유전체 부분에 게재 되었다.(Nature Genetics_2010.11.14) 이 연구에 참여중인 기관들은 중국의 홍콩중문대학, BGI(베이징게놈연구소), 중국 농업과학원 등 중국의 주요 농업 및 유전체 연구분야의 주요 기관들이 참여하였다. 특히 야생종의 유전체 분석결과는 재배종 보다 높은 수준의 유전다양성을 보유하고 있어, 재배 콩을 이용한 유전연구 결과 보다 더욱 다양하며, 질병에 대한 저항성 및 품질향상에 대한 고품질 콩으로의 육종이 가능할 것으로 보인다.


Icon.png세계 최초 한국 야생콩의 유전체 해독 완료

돌콩이라 불리는 야생종 콩(Glycine soja)의 유전체 해독이 완료 되었고, 서울대학교 농업생명과학대학 이석하 교수를 필두로 국가생명연구자원정보센터(KOBIC)의 연구진들(현재 테라젠바이오연구소 및 게놈연구재단의 연구진으로 활동 중)이 연구한 결과로, 미국국립과학원회보(PNAS)에 논문이 공개 되어있다. 흔히 식량작물로 이용하는 대두콩(Glycine Max)과의 분화 과정에 대한 결과 등을 담고 있다. 이러한 콩의 원산지인 한국의 생물 자원을 연구하고 또한 지적재산으로써 보호 하여야 하며 보다 질높은 유전자원을 개발하여 다양한 유전자원을 확보하고자 하는 노력이 필요하다.


Icon.png누에의 실크생산에 유용한 354개 유전자 발굴

80년대 국내에서도 많은 양잠산업으로 각광 받았던 누에가 혈당강하제(1-Deoxynojirmucin) 성분을 가지고 있으며, 생물반응기로써 단백질 생산에 다시금 주목 받고 있다. 이러한 누에의 유전체 분석이 중국에서 이루어 졌으며, 40개체의 누에의 집단 유전체를 분석 하여 야생종과 사육종간의 특성비료를 통해 유전적 다양성 지도를 완성하였다. 또한 누에의 유전자를 실크의 생산능력에 관련된 유전자 등 유전적 특성에 따라 분류 하여 354개의 유용 유전자를 발굴 해내었고, 이는 앞으로의 실크생산 및 의약산업에 유용한 기초 데이터로써 활용가능 할 것이다.







                    

Icon.png이탈리아 연구팀이 재배 품종 사과 유전체의 비밀을 풀다.

이탈리아에서 가장 널리 보급되고 있는 재배 품종 사과인 ‘골든 딜리셔스’의 유전체의 비밀이 IASMA 주도의 국제 연구팀에 의해 풀렸다. 사과나무를 포함한 Pyreae 유전체의 진화를 설명하는 모델과 재배 품종 사과의 기원에 대해서 알아본다.


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Icon.pngGET Conference 2011

2011년 4월 27일에 미국에서 GET conference2011이 열렸습니다. GET conference의 'GET'는 Genome, Environments, Traits의 첫 글자를 따온 것으로 개인의 생김새 및 질환과 같은 표현형은 유전체와 환경의 영향을 받는다라는 의미를 갖고 있습니다. 2010년 GET conference에서는 자신의 유전체 해독 정보를 모두 공개한 13명이 참가했었으며, 동양인으로는 유일하게 한국의 김성진박사가 참가하였었습니다. 또한 여성으로서는 세계최초로 자신의 유전정보를 공개한 로잘린 길박사의 경우, 게놈연구재단 연구진이 유전체 분석에 참여하였었습니다.